Exploitation des appariements entre les bases SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI : des données pour la période du 20 septembre au 17 octobre 2021 à partir d’une nouvelle méthodologie

Dans le cadre de sa mission d’appui à la gestion de la crise sanitaire, la Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (DREES) exploite les données pseudonymisées issues des trois principales bases de données sur la crise Covid-19 : SI-VIC (hospitalisation), SI-DEP (dépistage) et VAC-SI (vaccination). La DREES effectue des croisements entre ces bases, afin notamment de réaliser un suivi selon le statut vaccinal des personnes testées positives à la Covid-19 et des personnes hospitalisées.

Ce suivi, hebdomadaire, a fait l’objet d’une révision afin d’affiner les statistiques produites en améliorant leur méthodologie de construction. Les indicateurs commentés portent désormais sur la population âgée de 20 ans ou plus. Un encadré méthodologique, à la fin de ce communiqué de presse, ainsi qu’une note détaillée et une note méthodologique expliquent ce choix. Les fichiers bruts présentant les résultats nationaux, les déclinaisons territoriales et par tranche d’âge sont accessibles sur le site internet de la DREES, rubrique Open Data.

Près de six fois plus de tests RT-PCR positifs parmi les personnes non vaccinées
Entre le 20 septembre et le 17 octobre 2021, le nombre de tests RT-PCR positifs pour 100 000 personnes non vaccinées de 20 ans ou plus s’élève à 535, contre 96 environ pour 100 000 personnes complètement vaccinées, soit près de 6 fois plus pour les premiers. Au cours de ces quatre semaines, le nombre de tests RT-PCR positifs pour 100 000 habitants âgés de 20 ans ou plus augmente pour l’ensemble des statuts vaccinaux. Pour les personnes non vaccinées, entre le 11 et le 17 octobre, ce nombre s’établit à 122 pour 100 000 habitants, contre 118 du 4 au 10 octobre (le niveau le plus bas de la quatrième vague). Il augmente également pour les personnes ayant un schéma vaccinal complet : 25 pour 100 000 habitants entre le 11 et le 17 octobre, contre 22 la semaine précédente.

Environ six patients sur dix admis en soins critiques ne sont pas vaccinés
Parmi les personnes de 20 ans ou plus entrées à l’hôpital entre le 11 et le 17 octobre pour lesquelles un test RT-PCR positif a pu être identifié dans la base SI-DEP, 61 % des admissions en soins critiques et 56 % en hospitalisation conventionnelle proviennent de patients non vaccinés, alors que les patients complètement vaccinés en représentent respectivement 35 % et 40 %. Pour les décès, ces ratios s’élèvent à 56 % pour les personnes non vaccinées et à 36 % pour celles complètement vaccinées. En population générale, la part des personnes de 20 ans ou plus non vaccinées est de 12 % et celle des personnes complètement vaccinées de 84 %.

La baisse des entrées en soins critiques des personnes non vaccinées se poursuit
Après une première semaine d’octobre assez stable, la baisse des entrées en soins critiques des patients non vaccinés âgés de 20 ans ou plus pour lesquels un test RT-PCR positif a été identifié se poursuit. Entre le 11 et le 17 octobre, leur nombre s’élève à 17 pour 1 million de personnes non vaccinées, alors qu’il était de 24 la semaine précédente et de 74 la semaine du 29 août. Au cours de la même période d’observation, les entrées en soins critiques de patients complètement vaccinés restent beaucoup plus faibles en proportion : leur niveau atteint 2,2 entrées pour 1 million de personnes complètement vaccinées contre 1,7 la semaine précédente. À taille de population comparable, il y a environ 8 fois plus d’entrées en soins critiques parmi les patients non vaccinés que parmi ceux complètement vaccinés entre le 11 et le 17 octobre. Ce ratio s’élève à 12 si on étend la période d’observation, c’est-à-dire entre le 20 septembre et le 17 octobre 2021.

Un léger recul des entrées en hospitalisation conventionnelle des patients non vaccinés
Sur la même période, les entrées en hospitalisation conventionnelle des personnes pour lesquelles un test RT-PCR positif a été identifié baissent légèrement. Entre le 11 et le 17 octobre, leur nombre s’élève à 62 patients pour 1 million de personnes âgées de 20 ou plus non vaccinées, contre 68 la semaine précédente. Pour les personnes complètement vaccinées, les entrées en hospitalisation conventionnelle sont inchangées par rapport à la semaine du 4 au 10 octobre. Elles sont au nombre de 8 pour 1 million de personnes vaccinées.

Onze fois plus de décès parmi les personnes non vaccinées que parmi les vaccinées entre le 20 septembre et le 17 octobre
Entre le 20 septembre et le 17 octobre, on comptabilise chez les 20 ans et plus 67 décès pour 1 million de personnes non vaccinées et 6 décès pour 1 million de personnes complètement vaccinées. Il y a donc, sur cette période de quatre semaines, 11 fois plus de décès parmi les personnes non vaccinées que parmi les personnes complètement vaccinées, à taille de population comparable.

Méthodologie : pourquoi devient-il nécessaire de revoir la méthode de production des statistiques exploitant les données appariées ?

Trois raisons :
•    Les limites identifiées sur la qualité de l’appariement entre la base VAC-SI et les bases SI-DEP et SI-VIC imposent une révision des choix méthodologiques pour le traitement des observations non appariées
•    Les nouveaux choix méthodologiques pour traiter les données non appariées s’appuient sur une information disponible désormais plus large que lors des premières publications
•    Le faible nombre d’hospitalisations parmi les personnes âgées de moins de 20 ans et l’ouverture plus tardive de la vaccination à une partie seulement de cette tranche d’âge conduisent à mettre l’accent dans l’analyse sur le champ des adultes âgés de 20 ou plus.

Les limites identifiées sur la qualité de l’appariement entre la base VAC-SI et les bases SI-DEP et SI-VIC imposent une révision des choix méthodologiques pour le traitement des observations non appariées
Dans le cadre de sa mission d’appui à la gestion de la crise sanitaire, la DREES apparie, sur la base d’un identifiant pseudonymisé commun, les trois bases suivantes :
•    SI-VIC, système d'information d'identification unique des victimes, base de données sur les hospitalisations conventionnelles ou en soins critiques (réanimation, soins intensifs et soins continus) de patients hospitalisés porteurs du Covid-19,
•    SI-DEP, système d’information sur le dépistage populationnel, base de données sur les résultats des tests Covid-19,
•    VAC-SI, système d’information Vaccin Covid, base de données sur les vaccinations Covid-19.

Les croisements de ces bases permettent de mieux décrire la situation épidémique et d’éclairer les décisions de politique publique. En particulier, les appariements sont nécessaires pour identifier la part de patients hospitalisés qui sont vaccinés et/ou porteurs d’un variant ou d’une mutation particulière.

Dans chacune des trois bases, lors de leur constitution et avant transmission à la DREES, les informations relatives aux nom, prénom, sexe et date de naissance de personnes hospitalisées, testées ou vaccinées servent à la constitution d’un pseudonyme, chaîne de caractères non signifiante identifiant de façon unique chaque personne. Les informations nominatives sont ensuite supprimées des bases avant qu’elles soient transmises à la DREES pour exploitation statistique. Seul le pseudonyme est transmis. Construit suivant le même algorithme dans les trois bases, le pseudonyme permet d’apparier les observations concernant les tests, les hospitalisations et les vaccinations

Jusqu’alors, lorsque les patients étaient hospitalisés et testés positifs mais qu’il n’était pas possible de les identifier parmi les injections recensées dans la base VAC-SI, ils étaient par défaut considérés comme des personnes non vaccinées (voir l’annexe méthodologique des publications de la DREES depuis le 20 août). Or il est désormais possible de mobiliser une autre information disponible dans VAC-SI : une table comprenant l’information sur l’ensemble des personnes éligibles à la vaccination (ciblage par l’Assurance maladie), qu’elles soient vaccinées ou non. L’analyse de cette information a permis d’identifier une population non appariée, pour laquelle le statut vaccinal n’est donc pas directement déductible via la procédure d’appariement. Cette population non appariée était implicitement considérée comme entièrement non vaccinée avec la méthodologie retenue dans les précédentes publications.

Les nouveaux choix méthodologiques pour traiter les données non appariées s’appuient sur une information disponible désormais plus large que lors des premières publications
Les observations pour lesquelles le patient est retrouvé dans la table des injections (dans VAC-SI) conservent le même statut vaccinal qu’auparavant. Celles pour lesquels le patient n’est pas retrouvé dans la table des injections mais est retrouvé dans la table des patients éligibles à la vaccination continuent d’être identifiées comme non vaccinées. Pour les observations non appariées, c’est-à-dire retrouvées ni dans l’une ni dans l’autre table, le choix est désormais fait de les reclasser entre les différents statuts vaccinaux. Pour faire cette répartition additionnelle, la méthode consiste à s’appuyer sur les caractéristiques par strate (âge décennal, sexe, département de résidence et s’agissant des tests, caractère symptomatique ou non du patient au moment du test) des observations appariées (cf. note méthodologique).

Le faible nombre d’hospitalisations parmi les personnes âgées de moins de 20 ans et l’ouverture plus tardive de la vaccination à une partie seulement de cette tranche d’âge conduisent à mettre l’accent dans l’analyse sur le champ des adultes âgés de 20 ou plus.
La classe d’âge des moins de 20 ans, beaucoup moins vaccinée que les autres tranches d’âge puisqu’elle comprend les moins de 12 ans, est également beaucoup moins souvent hospitalisée : elle représente environ un quart de la population française mais à peine 5 % des admis en soins critiques depuis le 31 mai 2021. Fort de ce constat, l’idée première d’inclure dans l’analyse l’ensemble de la population par souci d’exhaustivité a été écartée, au profit d’un accent mis sur la population des adultes âgés de 20 ans ou plus. Pour autant, l’ensemble des données pour toutes les tranches vingtennales de la population (y compris les moins de 20 ans) reste disponible comme précédemment, chaque semaine, sur le site internet de la DREES.