La DREES publie chaque année les résultats des comptes nationaux de la santé, qui dressent un état des lieux détaillé des dépenses de consommation de soins et de biens médicaux, et de leur financement. Ces données permettent d’éclairer le débat public sur le suivi des dépenses de santé et sont mobilisées pour le pilotage des politiques publiques en matière de santé. Ces comptes font notamment l'objet d'une publication annuelle dans le Panorama « Les dépenses de santé ». Elles sont par ailleurs utilisées pour l’élaboration des comptes de la santé dans un cadre harmonisé au niveau international (System of health accounts [SHA]) piloté par l’OCDE, Eurostat et l’OMS).

La DREES mène également des travaux spécifiques sur le financement des dépenses de santé par les organismes complémentaires, à travers la publication d’un rapport annuel sur la situation financière des organismes complémentaires et la réalisation régulière d’une enquête auprès des organismes complémentaires afin de documenter leur activité, la population qu’ils couvrent, les garanties qu’ils offrent et leurs modes de tarification.

Elle réalise également de nombreux travaux sur les restes à charge pour les ménages après assurance maladie obligatoire, et après assurance maladie complémentaire, suivant différents profils type de population. Le modèle de microsimulation Omar permet de simuler, au niveau individuel, le partage de la dépense entre les trois financeurs : la Sécurité sociale, l’organisme de complémentaire santé et l’individu. Le modèle Ines-Omar permet, quant à lui, de documenter la contribution de l’Assurance maladie à la réduction des inégalités de revenu.