Statistiques sur le statut vaccinal des personnes testées et hospitalisées avec Covid-19 - Evolution méthodologique et mise à jour

Ces résultats sont issus du croisement des informations issues de SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI, les systèmes d’information portant respectivement sur les hospitalisations, les tests et la vaccination contre le Covid-19. Les résultats nationaux ainsi que des déclinaisons régionales et par classe d’âge sont mis à disposition sous forme de graphiques en format PDF et de fichiers CSV permettant d’exploiter plus finement les résultats présentés. Ces fichiers sont disponibles sur le site de données ouvertes de la DREES.

Les données issues des appariements permettent entre autres de comparer le nombre de personnes atteintes de Covid-19 en fonction des différents statuts vaccinaux, à taille de population égale, et d’en déduire des rapports de risques informant sur la protection vaccinale. Depuis le 22 juillet 2022, la DREES ne commente plus les rapports de risques entre la population vaccinée et la population non vaccinée. En effet, l’imprécision relative sur la taille de la population non vaccinée s’est accrue au fur et à mesure que la couverture vaccinale de la population a progressé. Il est en conséquence devenu difficile d’établir des décomptes de cas à taille de population comparable.

Une étude méthodologique publiée la semaine dernière explique les difficultés à estimer la couverture vaccinale en France, en particulier à estimer précisément la taille de la population non vaccinée par âge. Ce travail propose plusieurs alternatives aux estimations existantes, visant à assurer une plus grande homogénéité entre population vaccinée et population de référence. Il conclut que le taux de personnes non vaccinées, âgées de 20 ans ou plus, résidant en France, se situe probablement entre 8 et 12 %. Compte tenu de cette incertitude, la DREES ne diffusera plus en routine d’estimation de la taille de la population non vaccinée, les différentes options en date du 28 juin 2022 étant accessibles dans les données accompagnant l’étude méthodologique.

La variable « effectif » qui visait à fournir une estimation courante de la population de chaque statut vaccinal est désormais remplacée par une variable « pourcent_parmi_vaccines » qui, en référence à la population vaccinée (au moins une dose), donne les proportions dans les différents statuts vaccinaux. Ainsi, il est toujours possible, parmi la population vaccinée, de comparer la part de chaque statut vaccinal parmi les cas et parmi la population vaccinée, aujourd’hui largement majoritaire. L’ensemble des cas (tests RT-PCR positifs et hospitalisations) observés est toujours diffusé en fonction du statut vaccinal. Seule la situation de référence est modifiée, pour ne comporter que des données estimées de qualité suffisante par la DREES. Enfin, le jeu de données avant cette mise à jour est laissé à la disposition des utilisateurs, mais il ne sera plus actualisé. En effet, si l’imprécision relative sur la taille des effectifs de non vaccinés paraît trop incertaine sur les données les plus récentes - compte tenu du fait que ces effectifs sont aujourd’hui largement minoritaires, ce n’est pas le cas sur l’ensemble de l’historique.

En outre, les données mises en open data cette semaine intègrent les améliorations qui ont été détaillées dans l’étude méthodologique. Elles visent à rapprocher le champ de ces données de celui des estimations annuelles de population de l’Insee, qui portent sur les personnes qui résident de manière habituelle sur le territoire français.  

Améliorations proposées

Plusieurs populations de référence peuvent être choisies, que l’on peut chercher à mesurer plus ou moins bien en fonction des données à disposition : la population résidente habituellement en France, la population dépistée en France (au moins une fois, plusieurs fois), la population dépistée ou vaccinée en France. La population de référence, retenue ici est la population résidente au sens de l’Insee en France métropolitaine et dans les départements et régions d’outre-mer (donc hors collectivités d’Outre-mer, COM1 ), estimée au 1er janvier de chaque année. Afin de se rapprocher de la population résidente au sens de l’Insee, un filtre est désormais appliqué sur la population vaccinée observée dans la base de donnée VAC-SI afin d’exclure des non-résidents probables. Ces différents filtres sont présentés dans l’étude méthodologique, dans la section « Identification des personnes vaccinées hors champ de la population résidente au sens de l’Insee ».  

D’abord, sont exclues les personnes en « ciblage manuel dégradé d’urgence » dans le système d’information : ces cas correspondent aux personnes non ciblées dans la campagne de vaccination avant leur injection et pour lesquelles aucun NIR (numéro d’inscription au répertoire national d'identification des personnes physiques, appelé aussi « numéro de sécurité sociale ») n’a été retrouvé suite à une procédure manuelle effectuée lors de la création du dossier au moment de la vaccination. Cette population est dans sa majorité non dépistée sur le territoire et présente des parcours vaccinaux atypiques (surreprésentation des injections uniques, sous-représentation du rappel) suggérant qu’elle ne serait pas résidente habituelle au sens de l’Insee, mais présente plus épisodiquement. De plus, jusqu’à présent, la population vaccinée incluait toutes les personnes pour lesquelles un code postal en France métropolitaine et DROM2 , qu’il soit relatif à son dossier patient ou à son lieu d’injection, avait été trouvé. Un filtre plus strict est désormais appliqué en excluant les personnes vaccinées dès lors qu’elles ont au moins un lieu de vaccination à l’étranger3 ou dans les COM, et dès lors qu’elles ont un département de résidence dans leur dossier patient indiquant un lieu de résidence à l’étranger4 ou dans les COM. La proportion de vaccinés par âge et par statut vaccinal reste globalement inchangée dans le temps après cette amélioration (cf. graphique ci-dessous). Toutefois des révisions sont visibles sur certaines strates : âges compris entre 20 ans et 40 ans, régions de Mayotte, Guyane, PACA, Ile-de-France, groupe des partiellement vaccinés.

Pour finir, les statistiques sont présentées en proportion de la population vaccinée estimée ainsi obtenue.

En définitive, en cohérence avec l’étude méthodologique publiée la semaine dernière, la mise à jour des open data consiste :
-    à ne plus publier la taille d’effectifs de non vaccinés parmi la population résidente : compte tenu du fait que ces effectifs sont aujourd’hui largement minoritaires, la DREES estime que la précision relative de tout chiffrage est devenu insuffisante  ;
-    à se rapprocher conceptuellement de la population résidente de l’Insee, en filtrant les patients vaccinés pour lesquels il existe une information indiquant une potentielle « non-résidence » en France.

Les statistiques diffusées par le passé, avant ce changement méthodologique, restent par ailleurs accessibles.

• 1Les collectivités d’Outre-mer comprennent les territoires de : Saint Barthélemy, Saint-Martin, Saint-Pierre-et-Miquelon, la Polynésie française, Wallis-et-Futuna et la Nouvelle-Calédonie.
• 2Les DROM (Départements et Régions d’Outre-Mer) incluent : la Guadeloupe, la Guyane, la Martinique, Mayotte et La Réunion
• 3Bien que l’on n’observe pas directement cette information, on suppose qu’un code postal du lieu d’injection sur cinq caractères commençant par « 99 » indique le plus probablement une vaccination à l’étranger. Le croisement de plusieurs variables relatives au lieu d’injection indique que cette hypothèse est raisonnable, mais il est probable que pour une partie des personnes ainsi exclues, il s’agisse en réalité d’un code mal renseigné pouvant également s’interpréter comme une absence d’information.
• 4Bien que l’on n’observe pas directement cette information, on suppose qu’un code postal du lieu de résidence sur cinq caractères commençant par « 99 » indique le plus probablement une résidence à l’étranger. Il est probable que pour une partie des personnes ainsi exclues, il s’agisse en réalité d’un code mal renseigné pouvant également s’interpréter comme une absence d’information. Cependant, comme pour le filtre précédent, les effectifs ainsi exclus sont faibles, notamment au regard de la population « ciblés manuels dégradés d’urgence ».