Semaine du 24 au 30 octobre 2022 : un suivi du nombre de tests fortement perturbé

Suite aux perturbations sur la transmission des résultats des tests par certains laboratoires, les remontées des tests RT-PCR dans SI-DEP sont incomplètes sur la semaine du 24 au 30 octobre. Par conséquent, la DREES ne mettra pas à jour cette semaine la datavisualisation présentant les volumes et les délais des tests de dépistage du Covid-19.

Dans un contexte de diminution du taux de dépistage global depuis mi-octobre, le volume de tests RT-PCR transmis à la plateforme SI-DEP marque une nette rupture le jeudi 27 octobre, qui s’accentue encore plus fortement le vendredi 28 octobre, tandis que le volume de tests antigéniques poursuit une décroissance régulière (Graphique 1).

Graphique 1 • Glissement hebdomadaire du nombre de tests, par type de tests  

Cette forte diminution du volume de tests RT-PCR comptabilisés dans SI-DEP s’explique par une baisse marquée du nombre de tests remontés par certains laboratoires privés le 27 octobre et qui s’accentue les jours suivants. En effet, alors que les laboratoires du secteur privé représentaient 79 % des remontées de tests RT-PCR sur la semaine du 17 au 23 octobre, nombre d’entre eux n’ont plus transmis ou seulement un nombre de tests bien plus faible qu’attendu (voir Méthodologie) entre le 27 et le 30 octobre. Plus précisément, les laboratoires pour lesquels il est possible d’identifier, dès le jeudi 27 octobre, une rupture nette dans la volumétrie des tests transmis, ont contribué à près de la moitié de l’ensemble des tests RT-PCR transmis par les laboratoires du secteur privé entre le lundi 26 septembre et le dimanche 23 octobre 2022. En incluant les laboratoires pour lesquels il est possible d’identifier une rupture nette à partir du 28 octobre, on estime que ces laboratoires ont transmis environ les deux tiers des tests RT-PCR effectués par les laboratoires du secteur privé entre le 26 septembre et le 23 octobre.

Ce déficit de remontées de tests dans SI-DEP n’est pas uniforme sur le territoire (Graphique 2), ce qui impacte la répartition géographique des tests RT-PCR remontés dans SI-DEP.

Graphique 2 • Part, parmi l’ensemble des tests remontés dans SI-DEP entre le 17 et le 23 octobre par des laboratoires d’analyse médicale du secteur privé, des tests RT-PCR remontés par des laboratoires avec une baisse marquée du nombre de tests du 27 au 30 octobre

Ainsi, les évolutions du nombre de tests RT-PCR réalisés ne peuvent s’apprécier qu’au niveau national, et sous l’hypothèse que les laboratoires sans rupture de volumétrie identifiée, suivent des évolutions proches de celles qu’auraient suivi les laboratoires ayant cessé fortement ou complètement de transmettre des tests. Sur les dernières semaines, cette hypothèse est vérifiée, les évolutions du volume de tests de ces deux groupes paraissent similaires au niveau national. Sous réserve que ces tendances communes auraient continué à prévaloir sur la fin de la semaine, on peut donc estimer que le volume de dépistage par RT-PCR aurait poursuivi sa décrue entamée la semaine dernière (Graphique 3), avec une baisse estimée de l’ordre de 25 % par rapport à la semaine précédente.

Graphique 3 • Glissement hebdomadaire du nombre de tests RT-PCR parmi les laboratoires du secteur privé, avec ou sans rupture identifiée dans les remontées

Le nombre de tests antigéniques, peu impacté par ces manques de remontées, diminue pour l’ensemble des tranches d’âge (Graphique 4), et atteint 591 300 sur la semaine (-28 %).

Enfin, les statistiques sur les délais de validation des résultats des tests RT-PCR, publiées habituellement chaque semaine par la DREES, sont également impactées par le déficit de remontées par certains laboratoires d’analyse du secteur privé sur la fin de la semaine dernière, et ne sont donc pas non plus mises à jour cette semaine. Cependant, les délais de rendus de tests RT-PCR sont stables parmi les laboratoires dont les volumes de tests ne montrent pas de rupture soudaine, comme c’est le cas au global depuis février 2022.

Graphique 4 • Évolution du nombre de tests antigéniques sur 7 jours glissants selon l’âge du patient depuis le 1er février 2021 jusqu’au 30 octobre 2022     

Consulter la datavisualisation

Méthodologie

La DREES exploite les données pseudonymisées du système d’information SI-DEP, qui portent notamment sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés par les laboratoires d’analyse médicale, et comportent des informations à la fois sur les résultats des tests et sur leurs délais de réalisation. Le calcul des délais pour les tests RT-PCR se fait à partir de la date de prélèvement du test (jour, heure, minute), déclarée par le laboratoire, et de la date d’intégration (jour, heure, minute) du test dans le système d’information, intégration qui doit se faire très rapidement après la validation du test. Les délais ici présentés pour les tests RT-PCR correspondent aux délais entre la date de prélèvement et la date d’intégration des résultats dans SI-DEP. Cependant, la date d’envoi des résultats aux patients par le laboratoire peut être postérieure à l’intégration des résultats dans SIDEP. Les délais entre date de prélèvement et réception des résultats des tests RT-PCR par les patients pourraient donc être supérieurs à ceux mesurés via SIDEP. Les statistiques présentées portent sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés, en date de validation du résultat.

Depuis le 17 octobre 2020, les tests antigéniques sont autorisés dans le cadre des dépistages individuels. Ils doivent être remontés depuis lors dans la base SIDEP par les laboratoires. En revanche, la saisie d’information dans SIDEP pour les professionnels de santé n’est possible que depuis le 16 novembre 2020, et a connu une phase de montée en charge. Afin d’estimer le nombre total de tests antigéniques réalisés depuis entre le 17 octobre 2020 et fin novembre 2020 – période pendant laquelle la base SIDEP n’était pas exhaustive sur ce type de tests, la DREES a utilisé les données de l’Assurance maladie sur le nombre de tests remboursés en date de soins en complément des données renseignées dans SIDEP.

Par ailleurs, si une même personne a réalisé successivement deux tests, ces deux tests sont comptés. Les données sur le nombre de tests diffèrent de celles publiées par Santé publique France, en date de prélèvement du test.

Enfin, entre début mars et début juin 2020, préalablement au déploiement complet de SIDEP, la DREES a mis en place à la demande du centre de crise sanitaire du Ministère de la Santé un système d’information permettant de comptabiliser le nombre de tests RT-PCR réalisés en France, à partir des déclarations des sites réalisant les tests (et non les prélèvements comme dans SIDEP).

Dans le cadre de l’exploitation des données SIDEP, la DREES procède à quelques retraitements des données. En particulier, les tests remontés avec un pseudonyme manquant sont supprimés. Dans le cas d’un même test remonté plusieurs fois (mise à jour de certaines informations sur le patient par exemple), la DREES conserve la ligne la plus récente, à l’exception de la date d’intégration dans SIDEP dont on retient la valeur la plus ancienne, assimilée à la date de validation du résultat.

Pour identifier statistiquement les laboratoires ayant cessé de remonter, fortement ou complètement, des données, trois critères ont été retenus et appliqués alternativement au niveau de l’établissement juridique ou de l’établissement géographique. Un laboratoire est considéré comme connaissant une rupture soudaine dans la volumétrie de tests transmis s’il a soit (i) un très faible nombre de tests remontés le jeudi 27 et/ou le vendredi 28, relativement au nombre de tests remontés le mercredi 26, soit un nombre de tests (ii) au moins 80 % inférieur à celui du même jour de la semaine précédente ou (iii) au moins 90 % inférieur à la moyenne journalière sur les jours ouvrés de quatre semaines précédentes. Cette méthode permet d’estimer le volume de tests remonté habituellement par les laboratoires connaissant une rupture de tendance soudaine, mais avec une marge d’erreur, notamment concernant les établissements présentant de faibles volumes de dépistage en régime courant, pour lesquels il est moins évident d’identifier une rupture de volumétrie.