Semaine du 31 octobre au 6 novembre 2022 : retour à la normale sur le suivi des tests

Suite aux perturbations sur la transmission des résultats des tests par certains laboratoires depuis le 27 octobre, les remontées des tests RT-PCR dans SI-DEP sont incomplètes sur la semaine du 31 octobre au 6 novembre, malgré un retour à la normale au 2 novembre. En conséquence de ces perturbations, la datavisualisation présentant les volumes et les délais des tests de dépistage du Covid-19 n’est pas mise à jour cette semaine.

Dans un contexte global de diminution du taux de dépistage depuis la mi-octobre, le volume de tests RT-PCR transmis à SI-DEP est demeuré à des niveaux exceptionnellement faibles les 31 octobre et 1er novembre, suite à la très forte baisse observée les 27 et 28 octobre pour les transmissions de tests par les laboratoires d’analyse médicale du secteur privé (Graphique 1). A partir du 2 novembre, les volumes de RT-PCR remontent fortement.

Le nombre de tests antigéniques continue quant à lui de diminuer entre le 31 octobre et le 6 novembre, la tendance à la baisse étant renforcée par la présence d’un jour férié et d’un week-end prolongé, et par la poursuite des vacances scolaires.

Graphique 1 • Nombre de tests, par type de tests, entre le 1er septembre et le 6 novembre 2022

Les tests antigéniques ont été très peu impactés par les perturbations sur les remontées vers SI-DEP, et leur évolution suggère une tendance générale à la décroissance du dépistage, dans la continuité de la baisse entamée mi-octobre (Graphique 2). A partir du 2 novembre, le taux de dépistage des tests RT-PCR revient à des niveaux compatibles avec la décroissance du taux de dépistage observée sur les seuls tests antigéniques. En prenant la semaine du 13 au 19 octobre comme semaine de référence, la forte augmentation du glissement du nombre de tests le 2 novembre (qui coïncide avec la fin de la grève), semble confirmer un retour à la normale et des niveaux de dépistage par RT-PCR qui se stabilisent autour de 30 % en dessous des niveaux de dépistage de la semaine du 13 au 19 octobre.

Graphique 2 • Glissement du nombre de tests, par type de tests, calculé en prenant en référence la semaine du 13 au 19 octobre

En effet, alors que les laboratoires du secteur privé représentaient avant les perturbations de saisie environ 80 % des remontées de tests RT-PCR, nombre d’entre eux n’ont plus transmis ou seulement un nombre de tests bien plus faible qu’attendu. Plus précisément, les laboratoires pour lesquels il est possible d’identifier, le jeudi 27 octobre ou le vendredi 28 octobre, une rupture nette dans la volumétrie des tests transmis, ont contribué à plus de 75 % de l’ensemble des tests RT-PCR transmis par les laboratoires du secteur privé entre le lundi 26 septembre et le dimanche 23 octobre 2022 (voir Méthodologie). Les laboratoires privés qui étaient en rupture de tendance à partir du 27 ou du 28 octobre voient leur glissement du nombre de tests revenir au même niveau que les laboratoires ayant eu une tendance régulière, et ce à partir du 2 novembre, confirmant le retour à la normale (Graphique 3).  

Graphique 3 • Glissement du nombre de tests RT-PCR parmi les laboratoires du secteur privé, avec ou sans rupture identifiée dans les remontées, calculé en prenant en référence la semaine du 13 au 19 octobre

Les tests PCR validés par ces laboratoires et remontés dans SI-DEP à partir du mercredi 2 novembre n’ont pour leur très grande majorité pas été prélevés les jours précédents, mais bien à l’issue du mouvement de grève annoncé du 27 octobre au 1er novembre. La plupart des tests non transmis dans SIDEP pendant la période de perturbation sur les saisies n’ont pas donc pas été envoyés ultérieurement par les laboratoires.

Graphique 4 • Nombre de tests PCR remontés par jour par les laboratoires du secteur privé avec une rupture identifiée dans les remontées, par semaine avant et après le mouvement de grève annoncé du 27 octobre au 1er novembre

Evolution du nombre de tests et disparités selon l’âge
Tandis que le nombre de tests antigéniques a diminué de 30 % par rapport à la semaine précédente, pour atteindre 415 800, le nombre de tests RT-PCR a été fortement perturbé du 27 octobre au 1er novembre. Le nombre de tests RT-PCR validés entre le mercredi 2 novembre et le dimanche 6 novembre, après ces perturbations, est de 24 % moins élevé qu’entre le mercredi 19 octobre et le dimanche 23 octobre, deux semaines plus tôt, avant les perturbations.

Graphique 5 • Nombre de tests (antigéniques uniquement) sur 7 jours glissants par tranche d’âge

Variations de volumes
En comparant pour les différents types de tests (RT-PCR, antigéniques ou pour l'ensemble) et à des périodes différentes, le nombre de tests est en baisse pour l'ensemble des tranches d'âge (Tableau 1).

Tableau 1 • Évolution du nombre de tests par type de tests, par période et par tranche d’âge

Des délais de validation stables
Les données des tests non saisies par les laboratoires ne semblent pas être, ou seulement à la marge, remontées dans le système SI-DEP à posteriori (Graphique 4). Ainsi, les statistiques sur les délais semblent retrouver leur fiabilité à compter du 2 novembre. Sur l’ensemble des tests (RT-PCR et antigéniques) validés la semaine du 31 octobre au 6 novembre, la part des tests validés le jour ou le lendemain du prélèvement s’élève à 98 %.
Pour les tests RT-PCR réalisés par des laboratoires privés ou publics, la durée médiane entre prélèvement et validation du résultat est stable à 0,3 jour sur les données du 31 octobre au 6 novembre (contre 0,3 jour sur les données du 17 au 23 octobre). 

Consulter la datavisualisation

Méthodologie

La DREES exploite les données pseudonymisées du système d’information SI-DEP, qui portent notamment sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés par les laboratoires d’analyse médicale, et comportent des informations à la fois sur les résultats des tests et sur leurs délais de réalisation. Le calcul des délais pour les tests RT-PCR se fait à partir de la date de prélèvement du test (jour, heure, minute), déclarée par le laboratoire, et de la date d’intégration (jour, heure, minute) du test dans le système d’information, intégration qui doit se faire très rapidement après la validation du test. Les délais ici présentés pour les tests RT-PCR correspondent aux délais entre la date de prélèvement et la date d’intégration des résultats dans SI-DEP. Cependant, la date d’envoi des résultats aux patients par le laboratoire peut être postérieure à l’intégration des résultats dans SIDEP. Les délais entre date de prélèvement et réception des résultats des tests RT-PCR par les patients pourraient donc être supérieurs à ceux mesurés via SIDEP. Les statistiques présentées portent sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés, en date de validation du résultat.

Depuis le 17 octobre 2020, les tests antigéniques sont autorisés dans le cadre des dépistages individuels. Ils doivent être remontés depuis lors dans la base SIDEP par les laboratoires. En revanche, la saisie d’information dans SIDEP pour les professionnels de santé n’est possible que depuis le 16 novembre 2020, et a connu une phase de montée en charge. Afin d’estimer le nombre total de tests antigéniques réalisés depuis entre le 17 octobre 2020 et fin novembre 2020 – période pendant laquelle la base SIDEP n’était pas exhaustive sur ce type de tests, la DREES a utilisé les données de l’Assurance maladie sur le nombre de tests remboursés en date de soins en complément des données renseignées dans SIDEP.

Par ailleurs, si une même personne a réalisé successivement deux tests, ces deux tests sont comptés. Les données sur le nombre de tests diffèrent de celles publiées par Santé publique France, en date de prélèvement du test.

Enfin, entre début mars et début juin 2020, préalablement au déploiement complet de SIDEP, la DREES a mis en place à la demande du centre de crise sanitaire du Ministère de la Santé un système d’information permettant de comptabiliser le nombre de tests RT-PCR réalisés en France, à partir des déclarations des sites réalisant les tests (et non les prélèvements comme dans SIDEP).

Dans le cadre de l’exploitation des données SIDEP, la DREES procède à quelques retraitements des données. En particulier, les tests remontés avec un pseudonyme manquant sont supprimés. Dans le cas d’un même test remonté plusieurs fois (mise à jour de certaines informations sur le patient par exemple), la DREES conserve la ligne la plus récente, à l’exception de la date d’intégration dans SIDEP dont on retient la valeur la plus ancienne, assimilée à la date de validation du résultat.
Pour identifier statistiquement les laboratoires ayant cessé de remonter, fortement ou complètement, des données, trois critères ont été retenus et appliqués alternativement au niveau de l’établissement juridique ou de l’établissement géographique. Un laboratoire est considéré comme connaissant une rupture soudaine dans la volumétrie de tests transmis s’il a soit (i) un très faible nombre de tests remontés le jeudi 27 et/ou le vendredi 28, relativement au nombre de tests remontés le mercredi 26, soit un nombre de tests (ii) au moins 80 % inférieur à celui du même jour de la semaine précédente ou (iii) au moins 90 % inférieur à la moyenne journalière sur les jours ouvrés de quatre semaines précédentes. Cette méthode permet d’estimer le volume de tests remonté habituellement par les laboratoires connaissant une rupture de tendance soudaine, mais avec une marge d’erreur, notamment concernant les établissements présentant de faibles volumes de dépistage en régime courant, pour lesquels il est moins évident d’identifier une rupture de volumétrie.