Sommaire Depuis octobre 2020, la Direction de la Recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (DREES) met régulièrement à disposition les données sur le volume et les délais de validation des tests RT-PCR et antigéniques. Ces résultats sont issus des données du système d’information SI-DEP. Sur l’année 2022, 140 436 000 tests (RT-PCR et antigéniques) pour la détection du SARS-Cov2 ont été validés (dont 61 % de tests antigéniques), contre 168 350 000 tests (dont 49 % de tests antigéniques) sur l’année 2021 (- 17 % au total). Plusieurs facteurs peuvent être à l’origine de cette baisse, comme la moindre dangerosité du variant Omicron, qui plus est avec une population de plus en plus vaccinée, ou encore la fin du remboursement automatique des tests en octobre 2021 et celle du passe sanitaire dans tous les lieux (hors établissement de santé) en janvier 2022 au profit du passe vaccinal, qui ont pu entrainer des changements de comportements dans le recours au dépistage1 . Répartition du nombre de tests (RT-PCR, antigéniques et salivaires) et nombre de cas Le volume de tests a été particulièrement élevé à l’été 2021 puis lors de l’hiver 2021-2022 (Graphique 1 A). En effet, l’été 2021, avec une vague estivale tardive, et l’introduction du passe sanitaire, a conduit à un volume de tests très important, culminant à 5 810 600 tests hebdomadaires entre le 14 et le 20 août. Ensuite, la vague hivernale 2021-2022, démarrée en novembre 2021 et marquée par l’enchainement de deux variants, Delta puis Omicron, a conduit au niveau record de 12 794 000 tests de dépistage entre le 5 et le 11 janvier 2022. Au global et malgré les niveaux très élevés de dépistage début 2022, le niveau de dépistage a été moins important en 2022 qu’en 2021, avec 17 % de tests de dépistage en moins. La baisse du dépistage s’est surtout fait ressentir sur les tests RT-PCR (- 36 %), tandis que le nombre de tests antigéniques entre 2021 et 2022 est resté relativement stable (+ 4 %). Une partie de la baisse du nombre de tests RT-PCR pourrait s’expliquer par des changements de consignes et de comportements de dépistage consécutifs à la première vague Omicron et par la sollicitation très importante du système de dépistage qui a pu entraîner un report vers d’autres types de tests (les tests antigéniques, mais aussi les autotests, non suivis dans SI-DEP). Afin d’éviter les situations de saturation, de janvier à mi-mars 2022, la recommandation de confirmer systématiquement un test antigénique positif par un test PCR a été temporairement levée2 . Ainsi, le nombre de tests antigéniques positifs suivi d’un test RT-PCR a fortement chuté début janvier 2022 : le pourcentage de tests antigéniques non suivis par un test RT-PCR a atteint 90 % au 12 janvier 2022 alors que cette proportion était de l’ordre de 60 % au 12 décembre 2021 (graphique 1 C). Mi-mars, cette proportion est redescendue à 85 %, avec l’évolution des recommandations des autorités sanitaires, avant de remonter progressivement jusqu’à la fin d’année 2022, où moins de 5 % des tests antigéniques positifs sont suivis d’un test RT-PCR. Graphique 1A – Nombre total de tests RT-PCR et antigéniques réalisés par semaine glissante, en 2021 et 2022 Graphique 1B – Nombre de tests RT-PCR et nombre de tests antigéniques réalisés par semaine glissante, en 2021 et 2022 Graphique 1C – Proportion des tests antigéniques positifs non suivis par un tests RT-PCR dans les 7 jours après le prélèvement du test antigénique, en semaine glissante Graphique 1D – Nombre de tests (RT-PCR et antigéniques) réalisés par semaine glissante pour 100 000 habitants, par tranche d’âge Les variations de volume de tests en 2021 et 2022 ont été moins marquées pour les plus de 65 ans (graphique 1D). En effet, même lors de la vague Omicron, le volume de tests a augmenté beaucoup moins pour cette tranche d’âge. À l’inverse, pour les moins de 65 ans, le nombre de tests a été très élevés au cours des mois de décembre 2021 et janvier et février 2022. Le reste de l’année 2022 a connu un volume de tests plus contenu pour toutes les tranches d’âge, contrairement à l’année 2021 au cours de laquelle le nombre de tests avait fortement crû en juillet et août pour les 16-40 ans, en lien notamment avec la mise en place du passe sanitaire début juin. Sur l’année 2022, le nombre de RT-PCR salivaires – principalement réalisés chez les moins de 11 ans - est en baisse (- 43 %) par rapport à l’année 2021. Cela représente 3 % du total de tests réalisés en 2022, contre 4 % du total de tests réalisés en 2021. Malgré une baisse du nombre de tests sur l’année 2022 par rapport à l’année 2021, le nombre de nouveaux cas dépistés a quant à lui été supérieur pour chaque mois de 2022 par rapport à 2021, sauf pour décembre. Le nombre de cas dépistés a été particulièrement élevé de fin décembre 2021 à mi-février 2022, en raison de l’arrivée du variant Omicron : 43 % du nombre de cas de l’année 2022 ont ainsi été détectés entre janvier et février 2022 (graphique 2). Graphique 2 – Nombre de nouveaux cas quotidien en moyenne sur une semaine glissante Au cours de l’année 2022, les tests antigéniques représentent 61 % de l’ensemble des tests, contre 49 % en 2021 (graphique 3). Entre le 4 juillet et le 4 septembre 2021, la proportion de tests antigéniques parmi l’ensemble des tests a plus que doublé, passant de 31 % à 71 %, suite notamment à l’introduction du passe sanitaire. Elle s’est depuis maintenue de façon quasi-continue au-dessus de 50 %. Les mois de septembre 2021 et de janvier 2022, pour lesquels il y a eu le plus de dépistage (graphique 1A), sont aussi ceux pour lesquels la proportion de tests antigéniques a été la plus élevée. De plus, on observe à partir de mi-2021 un surcroît de tests plus marqué pour les tests antigéniques que pour les tests RT-PCR en période de vague épidémique, ce qui peut indiquer que les tests antigéniques ont joué un rôle important lors des périodes de dépistage massif. Sur la fin de l’année 2022, trois pics sur la part de tests antigéniques ont pu être observés entre fin octobre et mi-décembre, correspondant à des périodes de grève des laboratoires de biologie médicale. La première du 27 octobre au 1er novembre 2022 portait sur un arrêt des transmissions des données dans SI-DEP, les remontées de tests RT-PCR sont ainsi sous-estimées sur cette période. Les deux autres (du 14 au 16 novembre 2022, puis du 1er au 3 décembre 2022) portaient sur l’ensemble de l’activité des laboratoires et donc a fortiori sur les activités de dépistage, ce qui a pu entrainer un report sur les tests antigéniques en pharmacie. Graphique 3 – Proportion de tests antigéniques parmi l’ensemble des tests, en moyenne glissante sur 7 jours Le taux de positivité des tests a évolué de la même manière que le nombre de cas au cours de l’année 2022, se maintenant très majoritairement au-dessus des 20 %. À l’inverse, lors de l’année 2021, le taux de positivité était bien plus faible, ne dépassant quasiment jamais 10 % jusqu’à mi-décembre, pour ensuite fortement augmenter avec l’arrivée du variant Omicron (graphique 4). Graphique 4 – Taux de positivité des tests Le taux d’incidence sur une semaine, qui représente le nombre de nouveaux cas dépistés pour une période et une population donnée, a lui aussi fortement fluctué sur les années 2021 et 2022. Une évolution positive du taux d’incidence indique que le nombre de cas dépistés est en train d’augmenter, tandis qu’une évolution négative représente une décroissance du nombre de cas. Deux indicateurs peuvent contribuer à l’évolution du taux d’incidence : le taux de dépistage, et à niveau de dépistage donné, le taux de positivité des tests. Plusieurs évolutions très fortes du taux d’incidence ont été observées (au-delà de 100 % sur une semaine), dont la plus forte en juillet 2021, avec une croissance du taux d’incidence portée principalement par une très forte augmentation du taux de positivité, alors que la croissance du taux de dépistage était relativement modérée. Ainsi, les nombreux tests réalisés dans le cadre du passe sanitaire n’ont pas particulièrement influencé l’évolution du taux d’incidence qui était alors principalement portée par l’évolution du taux de positivité sous l’effet de la diffusion du variant Delta. Le second fort pic, en janvier 2022, était porté de la même manière par le taux de positivité. Sur l’année 2022, les fortes croissances du taux d’incidence ont plus globalement été portées par l’augmentation du taux de dépistage, les augmentations du taux de positivité restant bien plus modérées que lors des vagues de 2021 et début 2022 (graphiques 4 et 5A et 5B). En effet, alors que le taux de positivité a été multiplié par cinq entre fin juin et début août 2021, et par vingt entre début octobre et fin décembre 2021, les évolutions à la hausse du taux de positivité ont été plus contenues en 2022 – autour d’un niveau relativement élevé (graphique 4). Graphique 5A – Évolution du taux d’incidence, du taux de dépistage et du taux de positivité sur une semaine Graphique 5B – Évolution du taux d’incidence, du taux de dépistage et du taux de positivité sur une semaine par tranche d’âge Les délais de validation sur l’ensemble des tests (RT-PCR et antigéniques) sont restés relativement stables tout au long de l’année 2022, contrairement à l’année 2021. En effet, les délais se sont améliorés à l’été 2021, la proportion de tests validés le jour-même ou le lendemain dépassant 99 % depuis fin juin 2021, sauf durant la vague Omicron en janvier 2022 (graphique 6). Graphique 6 - Part des résultats validés le jour ou le lendemain du prélèvement pour les tests RT-PCR d’une part, et l’ensemble des tests RT-PCR et antigéniques d’autre part Consulter la datavisualisation Méthodologie La DREES exploite les données pseudonymisées du système d’information SI-DEP, qui portent notamment sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés par les laboratoires d’analyse médicale, et comportent des informations à la fois sur les résultats des tests et sur leurs délais de réalisation. Le calcul des délais pour les tests RT-PCR se fait à partir de la date de prélèvement du test (jour, heure, minute), déclarée par le laboratoire, et de la date d’intégration (jour, heure, minute) du test dans le système d’information, intégration qui doit se faire très rapidement après la validation du test. Les délais ici présentés pour les tests RT-PCR correspondent aux délais entre la date de prélèvement et la date d’intégration des résultats dans SI-DEP. Cependant, la date d’envoi des résultats aux patients par le laboratoire peut être postérieure à l’intégration des résultats dans SIDEP. Les délais entre date de prélèvement et réception des résultats des tests RT-PCR par les patients pourraient donc être supérieurs à ceux mesurés via SIDEP. Les statistiques présentées portent sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés, en date de validation du résultat. Depuis le 17 octobre 2020, les tests antigéniques sont autorisés dans le cadre des dépistages individuels. Ils doivent être remontés depuis lors dans la base SIDEP par les laboratoires. En revanche, la saisie d’information dans SIDEP pour les professionnels de santé n’est possible que depuis le 16 novembre 2020, et a connu une phase de montée en charge. Afin d’estimer le nombre total de tests antigéniques réalisés depuis entre le 17 octobre 2020 et fin novembre 2020 – période pendant laquelle la base SIDEP n’était pas exhaustive sur ce type de tests, la DREES a utilisé les données de l’Assurance maladie sur le nombre de tests remboursés en date de soins en complément des données renseignées dans SIDEP. Par ailleurs, si une même personne a réalisé successivement deux tests, ces deux tests sont comptés. Les données sur le nombre de tests diffèrent de celles publiées par Santé publique France, en date de prélèvement du test. Dans le cadre de l’exploitation des données SIDEP, la DREES procède à quelques retraitements des données. En particulier, les tests remontés avec un pseudonyme manquant sont supprimés. Dans le cas d’un même test remonté plusieurs fois (mise à jour de certaines informations sur le patient par exemple), la DREES conserve la ligne la plus récente, à l’exception de la date d’intégration dans SIDEP dont on retient la valeur la plus ancienne, assimilée à la date de validation du résultat. Le taux d’incidence sur une semaine correspond au nombre de nouveaux cas dépistés pour une période et une population donnée. Son évolution peut être décomposée en l’évolution de deux indicateurs et d’un terme d’erreur, le plus souvent faible: l’évolution du taux de dépistage qui représente la proportion de personnes qui vont se faire tester à la Covid-19 et l’évolution du taux de positivité, c’est-à-dire le nombre de tests positifs parmi tous les tests réalisés. Par exemple, lorsque le taux de dépistage augmente fortement, c’est-à-dire que plus de personnes vont se faire tester, et quand bien même le taux de positivité des tests serait stable, cela entraîne une augmentation du taux d’incidence, ce qui signifie que le taux de dépistage contribue à l’évolution du taux d’incidence. La différence entre les contributions de ces deux indicateurs et l’évolution du taux d’incidence est un terme d’erreur imputable aux différences résiduelles entre évolution des cas dépistés et évolution du nombre de tests positifs et aux corrélations des évolutions de la décomposition entre elles (limite de la formule additive). 1L’impact des grèves des laboratoires de biologie médicale sur le total des tests réalisés en 2022 est vraisemblablement faible ; en attribuant durant les périodes de grèves les évolutions observées sur les tests antigéniques (réalisés principalement en dehors des laboratoires), l’évolution du nombre de tests entre 2021 et 2022 serait supérieure d’un demi-point seulement. Il s’agit vraisemblablement d’un majorant de l’impact de ces grèves sur l’évolution du nombre de tests entre 2021 et 2022, dans la mesure où une partie des tests RT-PCR habituellement réalisés en laboratoires a pu se reporter sur des tests antigéniques. 2L’adaptation de la doctrine des tests levant la recommandation a été communiquée aux professionnels de santé via un DGS-Urgent le 7 janvier 2022, puis reprise dans les recommandations à partir du 14 mars 2022 (DGS-Urgent du 15 mars 2022).
