À la veille du deuxième confinement, le système de dépistage détectait plus de la moitié des personnes infectées par la Covid-19 - SARS-CoV-2

À la veille du deuxième confinement, le système de dépistage détectait plus de la moitié des personnes infectées par la Covid-19 - SARS-CoV-2 : mise en cohérence des données françaises de dépistage (SI-DEP), de contamination dans les établissements médico-sociaux (COVID-19 EHPAD/EMS), d’hospitalisation (SI-VIC) et de sérologie en population générale (EpiCov)

Cette étude a pour objectif d’estimer les taux d’hospitalisation des individus infectés par le SARS-CoV-2 au cours de la première vague de l’épidémie de Covid-19 en France, puis d’estimer la capacité de détection du système de dépistage de la Covid-19 par RT-PCR depuis son déploiement fin mai 2020.

Au cours de la première vague de l’épidémie de Covid-19, les données sérologiques issues de la cohorte EpiCoV ont permis d’estimer le nombre de personnes infectées en France. Sur la même période, les données SI-VIC ont indiqué le nombre d’hospitalisations pour cause d’infection par le Sars-CoV-2. Le croisement de ces deux sources de données permet d’estimer le taux d’hospitalisation des personnes infectées par le Sars-CoV-2 au cours de la première vague. Ce taux est estimé à 2,7 % parmi les individus infectés de 15 ans ou plus résidant en France métropolitaine, à l’exclusion des personnes résidant en Ehpad [1] et prisons. Il augmente exponentiellement avec l’âge, passant de 0,3 % chez les 15-29 ans, à 2,2 % chez les 50-59 ans, jusqu’à atteindre 22,6 % chez les 70 ans ou plus. Ce dernier taux semble très élevé et son estimation pourrait manquer de précision étant donné le faible effectif de personnes testées positives dans le cadre de l’enquête EpiCoV dans cette catégorie d’âge.

Quelle que soit la classe d’âge, le taux d’hospitalisation est systématiquement plus élevé chez les hommes, avec un écart particulièrement marqué chez les plus âgés. Il varie également selon la zone géographique, atteignant 3,4 % dans le Nord [2] contre 1,7 % dans le Sud, ce qui peut être en partie dû au fait que les personnes infectées dans la zone Nord sont globalement plus âgées et pourraient présenter davantage de comorbidités.

Le taux d’hospitalisation des résidents d’Ehpad touchés par la Covid-19 lors de la première vague est de de 12,3 %, donc inférieur à celui des personnes de 70 ans ou plus vivant à domicile. Cependant, la méthode d’estimation diffère et les cas les plus graves en Ehpad ne donnent pas systématiquement lieu à une hospitalisation.

À partir de fin mai 2020, les données SI-DEP indiquent le nombre de personnes testées positives par RT-PCR en France, ce qui constitue une première approche, bien que sous-estimée, du nombre de personnes infectées. De ce fait, les taux d’hospitalisation calculés en croisant les données SI-VIC et SI DEP entre fin mai et fin août sont plus élevés que ceux estimés au cours de la première vague à partir de SI-VIC et EpiCoV, et ce pour toutes les classes d’âge. Le système de dépistage est progressivement monté en puissance, sans pour autant atteindre l’exhaustivité de la détection des personnes infectées. Ainsi, sur la période allant de fin août à fin-novembre, les taux d’hospitalisation calculés se rapprochent, tout en restant supérieurs, à ceux obtenus au cours de la première vague.

Si l’on suppose que les taux d’hospitalisation par catégorie d’âge estimés à partir de l’enquête EpiCoV sont ceux qui continuent de prévaloir (c’est-à-dire qu’il n’y a eu ni changement dans la gravité de l’épidémie, ni dans les modalités d’hospitalisation), il est possible d’inférer le nombre de personnes de 15 ans ou plus, hors résidents d’Ehpad, contaminées en France métropolitaine jusque fin novembre 2020, à partir du nombre de personnes hospitalisées sur cette même période. La capacité de détection du système de dépistage peut alors être estimée en rapportant le nombre de contaminations ainsi estimées, au nombre de personnes testées positives par RT-PCR. On constate que cette capacité a augmenté : passant de 12 % en juin à 31 % en juillet-août, 45 % en septembre/début octobre et 59 % sur mi-octobre/fin novembre. La capacité de détection varie peu avec l’âge, sauf chez les 70 ans ou plus où elle pourrait atteindre plus de 75 % sur la période la plus récente. La capacité de dépistage peut être surestimée si les taux d’hospitalisation appliqués le sont aussi. Il est possible que les taux d’hospitalisation des personnes infectées aient varié au cours de l’épidémie, du fait d’une dynamique d’infection différente entre les deux vagues, ou encore d’une évolution de la prise en charge à domicile faisant diminuer le recours à l’hospitalisation.